生物信息学/samtools

使用SAMTOOLS操作SAM文件

Samtools简介

Samtools (http://www.htslib.org/)是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。新 版本（>=1.0版本）主要包含Samtools、BCFtools和HTSlib三个部分。新版的samtools 将Samtools和BCFtool分离开，成为2个独立的软件包。这2个都运用了 HTSlib, 并且其软件包中都包含了 HTSlib。这三部分的的功能分别为：

Samtools：
	对SAM/BAM/CRAM格式文件进行读、写、索引和查看操作。
BCFtools：
	对 SNP 和 short indel 进行calling/filtering/sunimarising，对BCF2/VCF/gVCF 格式文件进行读 写操作。
HTSlib：
	用于高通量数据读写操作的C library。

Samtools的下载和安装

Samtools是Linux下进行SAM文件操作的工具。它还有很多其它有版本：比如C++ 版本的 BamTools; Java 版本的 Picard；Perl 版本的 Bio-SamTools; Python 版本的 Pysam等。

Samtools的安装如下：

wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.2/samtools-1.2.tar.bz2 -P ~/software/
tar jxf ~/software/samtools-1.2.tar.bz2 -C /opt/biosoft/
cd /opt/biosoft/samtools-1.2/
./configure --prefix=/opt/biosoft/samtools-1.2/
make
echo 'PATH=$PATH:/opt/biosoft/samtools-1.2/bin/' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

# installing samtools and bcftools
#wget https://github.com/samtools/bcftools/releases/download/1.3.1/bcftools-1.3.1.tar.bz2 -P ~/software/
tar jxf ~/software/bcftools-1.3.1.tar.bz2 -C /opt/biosoft/
cd /opt/biosoft/bcftools-1.3.1
make -j 4
echo 'PATH=$PATH:/opt/biosoft/bcftools-1.3.1/' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc