生物信息學/網絡藥理學數據庫

藥物/化合物數據庫

CTD數據庫

CTD數據庫：https://ctdbase.org/

Davis AP, Grondin CJ, Johnson RJ, Sciaky D, Wiegers J, Wiegers TC, Mattingly CJ The Comparative Toxicogenomics Database: update 2021. Nucleic Acids Res. 2020 Oct 17.

CTD是一個強大的、公開可用的數據庫，旨在促進對環境暴露如何影響人類健康的理解。它提供人工整理的關於化學-基因/蛋白質相互作用、化學-疾病和基因-疾病關係的信息。這些數據與功能和路徑數據相結合，以幫助發展關於環境影響疾病的機制的假設。

還有其他正在進行的項目，涉及人工整理暴露組數據和化學-表型關係，以幫助確定環境暴露導致的疾病前生物標誌物。

CTD的首次發布是在2004年11月12日。我們感謝我們強大的社區支持，並鼓勵你給我們提供反饋，以便我們能夠繼續根據你的研究需要進行發展。

該數據庫整合大量化學物質、基因、功能表型和疾病之間相互作用數據，為疾病相關環境暴露因素及藥物潛在作用機制研究提供極大便利

該數據庫主要有以下六大用途：

• 查詢和疾病相關的基因
• 查詢和疾病相關的化學物質
• 查詢與基因或蛋白相互作用的化學物質
• 查詢與化學物質相互作用的基因或蛋白
• 查詢基因\蛋白與化學物質相互作用的參考文獻
• 查詢化學物質相關GO功能條目

cMAP數據庫

cMap數據庫：https://clue.io/

Subramanian A, et al. A Next Generation Connectivity Map: L1000 Platform And The First 1,000,000 Profiles. Cell. 2017/12/1. 171(6):1437–1452

由Broad研究所開發，最新版本於2017年發表在Cell雜誌。該數據庫基於164種藥物/小分子化合物和過表達或基因敲除工具處理的細胞表達譜數據，藉助L1000分析平台，探討藥物/小分子化合物、基因和疾病狀態之間的交互網絡關係

STITCH數據庫：化合物與靶基因互作關係

STITCH數據庫：http://stitch.embl.de/

Szklarczyk D, Santos A, von Mering C, Jensen LJ, Bork P, Kuhn M. STITCH 5: augmenting protein-chemical interaction networks with tissue and affinity data. Nucleic Acids Res. 2016 Jan 4;44(D1):D380-4.

BlindingDB數據庫

BlindingDB數據庫：https://www.bindingdb.org/bind/info.jsp

1. Gilson,M.K., Liu,T., Baitaluk,M., Nicola,G., Hwang,L., and Chong,J. BindingDB in 2015: A public database for medicinal chemistry, computational chemistry and systems pharmacology Nucleic Acids Research 44:D1045-D1063 (2016).[pdf]
2. Liu,T., Lin,Y., Wen,X., Jorrisen,R.N. and Gilson,M.K. BindingDB: a web-accessible database of experimentally determined protein-ligand binding affinities Nucleic Acids Research 35:D198-D201 (2007).[pdf]
3. Chen,X., Lin,Y. and Gilson,M.K. The Binding Database: Overview and User's Guide Biopolymers Nucleic Acid Sci. 61:127-141 (2002).[pdf]
4. Chen,X., Lin,Y., Liu,M. and Gilson,M.K. The Binding Database: Data Management and Interface Design Bioinformatics 18:130-139(2002).[pdf]
5. Chen,X., Liu,M., and Gilson,M.K. Binding DB: A web-accessible molecular recognition database J. Combi. Chem. High-Throughput Screen 4:719-725(2001).[pdf]

chEMBL數據庫

chEMBL數據庫：https://www.ebi.ac.uk/chembl/

Mendez, D., Gaulton, A., Bento, A. P., Chambers, J., De Veij, M., Félix, E., Magariños, M. P., Mosquera, J. F., Mutowo, P., Nowotka, M., Gordillo-Marañón, M., Hunter, F., Junco, L., Mugumbate, G., Rodriguez-Lopez, M., Atkinson, F., Bosc, N., Radoux, C. J., Segura-Cabrera, A., Hersey, A., … Leach, A. R. (2019). ChEMBL: towards direct deposition of bioassay data. Nucleic acids research, 47(D1), D930–D940. https://doi.org/10.1093/nar/gky1075

Davies, M., Nowotka, M., Papadatos, G., Dedman, N., Gaulton, A., Atkinson, F., Bellis, L., & Overington, J. P. (2015). ChEMBL web services: streamlining access to drug discovery data and utilities. Nucleic acids research, 43(W1), W612–W620. https://doi.org/10.1093/nar/gkv352

PubChem數據庫

PubChem數據庫：https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/

中草藥數據庫

ETCM數據庫

ETCM數據庫：http://www.tcmip.cn/ETCM/index.php/Home

Xu HY, Zhang YQ, Liu ZM, Chen T, Lv CY, Tang SH, Zhang XB, Zhang W, Li ZY, Zhou RR, Yang HJ, Wang XJ, Huang LQ. ETCM: an encyclopaedia of traditional Chinese medicine. Nucleic Acids Res. 2018 Oct 26. doi: 10.1093/nar/gky987.

該數據庫整合大量中藥、配方及其成分的標準化信息，包括中藥成分、藥材或配方，以及各中草藥的藥味（酸、苦、甘、辛、咸）、藥性（寒、熱、溫、涼、平）、歸經（肺經、肝經、腎經等）和潛在靶基因信息，並基於此探索構建的中藥與配方、成分、靶基因、相關通路和疾病之間的網絡關係圖譜。

可見各個功能板塊及其對應的數據條目，分別是：數據瀏覽模塊（Herbs，中草藥；Formulas，中藥配方；Ingredients，中藥有效成分；Targets，中藥靶基因；Disease，相關疾病）、系統分析模塊，Systematic analysis；數據庫使用手冊，User manual，點擊進入可查看詳情，並可下載該手冊

DGIdb數據庫

DGIdb數據庫：https://dgidb.org/

Law, V., Knox, C., Djoumbou, Y., Jewison, T., Guo, A. C., Liu, Y., Maciejewski, A., Arndt, D., Wilson, M., Neveu, V., Tang, A., Gabriel, G., Ly, C., Adamjee, S., Dame, Z. T., Han, B., Zhou, Y., & Wishart, D. S. (2014). DrugBank 4.0: shedding new light on drug metabolism. Nucleic acids research, 42(Database issue), D1091–D1097. https://doi.org/10.1093/nar/gkt1068

整合現有的文獻報道中藥物與基因互作關係，以及DrugBank、PharmGKB、Chembl、Drug Target Commons和TTD等30多個數據庫中藥物與基因互作關係，提供兩類數據：第一類，基於文獻報道的已知藥物與基因相互作用關係；第二類，根據藥物或基因家族之間功能、結構等特徵預測的潛在藥物與基因相互作用關係

TCMID數據庫

TCMID數據庫：http://www.megabionet.org/tcmid/

Huang, L., Xie, D., Yu, Y., Liu, H., Shi, Y., Shi, T., & Wen, C. (2018). TCMID 2.0: a comprehensive resource for TCM. Nucleic acids research, 46(D1), D1117–D1120. https://doi.org/10.1093/nar/gkx1028

Xue, R., Fang, Z., Zhang, M., Yi, Z., Wen, C., & Shi, T. (2013). TCMID: Traditional Chinese Medicine integrative database for herb molecular mechanism analysis. Nucleic acids research, 41(Database issue), D1089–D1095. https://doi.org/10.1093/nar/gks1100

TCMID數據庫將中草藥及配方成分與靶基因、疾病和藥物進行網絡藥理學分析，提供配方、草藥、化合物、疾病、藥物和靶標6個方面信息，為藥物研究提供極大便利。比如，若某種化合物和批准的藥物靶向相同的蛋白質，則該化合物可能是潛在候選新藥；若某種化合物和疾病共有相同下游靶基因，則包含該化合物的中草藥可能是潛在候選治療方案。

symMap數據庫

symMap數據庫：http://www.symmap.org/

Wu Y#, Zhang F#, Yang K#, Fang S, Bu D, Li H, Sun L, Hu H, Gao K, Wang W, Zhou X, Zhao Y, Chen J*. SymMap: an integrative database of traditional Chinese medicine enhanced by symptom mapping. Nucleic Acids Research 2018, 47(D1): D1110-D1117.

整合中國傳統醫學（traditional Chinese medicine，TCM）與現代醫學（modern medicine，MM）的藥物治療及其分子機制數據，目前收錄499種中草藥的19,595種化合物成份、1,717種TCM症候和961種MM症狀，以及4302個靶基因和5235個疾病，之間關聯性信息，展示中草藥、TCM症候、MM症狀、化合物成份、靶基因和疾病6大數據類型之間的網絡交互關係。symMap數據庫提供數據瀏覽、檢索和下載3大功能板塊，點擊Help可查看數據庫使用說明

TCMSP數據庫：https://old.tcmsp-e.com/tcmsp.php

Jinlong Ru; Peng Li; Jinan Wang; Wei Zhou; Bohui Li; Chao Huang; Pidong Li; Zihu Guo; Weiyang Tao; Yinfeng Yang; Xue Xu; Yan Li; Yonghua Wang; Ling Yang. TCMSP: a database of systems pharmacology for drug discovery from herbal medicines. J Cheminformatics. 2014 Apr 16;6(1):13.

該數據庫於2014年發布，屬於中草藥網絡藥理平台，提供中草藥、化合物成分、靶基因和疾病網絡關係信息。與其他中草藥網絡關係數據庫不同之處在於，該數據庫提供天然化合物的藥代謝動力學，包括口服生物利用度、藥物相似性、水溶解度、血腦屏障和腸上皮滲透性等信息

HERB數據庫（本草組鑒）

HERB數據庫（本草組鑒）：http://herb.ac.cn/

Fang, S., Dong, L., Liu, L., Guo, J., Zhao, L., Zhang, J., Bu, D., Liu, X., Huo, P., Cao, W., Dong, Q., Wu, J., Zeng, X., Wu, Y., & Zhao, Y. (2021). HERB: a high-throughput experiment- and reference-guided database of traditional Chinese medicine. Nucleic acids research, 49(D1), D1197–D1206. https://doi.org/10.1093/nar/gkaa1063

《Nucleic Acids Research》發表了HERB數據庫，中文名為「本草組鑒」。該數據庫的網址為：http://herb.ac.cn/

趙屹教授課題組在1037個評估草藥/成分的高通量實驗中重新分析6164個基因的表達譜，並通過將藥物轉錄學數據集映射到CMap上，生成了中草藥/成分與2837種現代藥物之間的聯繫。

此外，他們還從最近發表的1966篇文獻中為473種中草藥/成分手動挑選了1241個基因靶點和494種現代疾病，並將這些新信息與包含這些藥物數據的數據庫進行交叉注釋。

再結合數據庫挖掘和統計推理，將12933個靶點和28212個疾病與7263種中草藥和49258種成分聯繫起來，並提供了它們之間的6種配對關係。

所以不管是大家想做中草藥的網絡藥理學還是想做中草藥的實驗研究，不管大家研究的是腫瘤還是非腫瘤，還是給自己研究的中藥找靶點，還是給自己研究的靶點找中藥，這個數據庫就是目前為止最全面的了！

BATMAN_TCM數據庫

BATMAN_TCM數據庫：http://bionet.ncpsb.org.cn/batman-tcm/

Liu, Z., Guo, F., Wang, Y., Li, C., Zhang, X., Li, H., Diao, L., Gu, J., Wang, W., Li, D., & He, F. (2016). BATMAN-TCM: a Bioinformatics Analysis Tool for Molecular mechANism of Traditional Chinese Medicine. Scientific reports, 6, 21146. https://doi.org/10.1038/srep21146