生物信息學/scanpy

scanpy：使用python進行scRNASeq分析

scanpy相關鏈接

• scanpy官網
• scanpy官方教程

scanpy的安裝

Anaconda的bioconda安裝

conda install seaborn scikit-learn statsmodels numba pytables
conda install -c conda-forge python-igraph leidenalg
pip install scanpy

直接使用PyPI安裝

pip install 'scanpy[leiden]'

scanpy的功能

• 聚類分析
• 可視化
• 發育軌跡
• 整合數據集
• 空間數據基礎
• 空間數據進階