R/R对象属性的函数小结
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R对象属性的函数小结
[编辑]任何编程语言都会包含有两个最基本的概念：数据类型和数据结构 数据类型指的是数值、字符串、逻辑值及他们衍生出的各种复合类型 数据结构描述各种数据类型所组成的对象是如何组织的
数据类型和数据结构包含两个层次：物理层次和逻辑层次
- 类似于硬盘分区中的物理分区和逻辑分区的区别，对于一块硬盘，可以用磁盘管理工具可以分成多个分区来储存数据，这些分区被称为逻辑分区；但无论我们分成多少分区，他们都同属于一个物理分区
- 物理层次：计算机物理内存上是如何存储的数据类型和结构
- 逻辑层次：不同编程语言本身定义的基本数据类型和结构，以及用户自定义的各种数据类型，这是高级编程语言对底层计算机物理储存的一种高级封装，使得编程语言更加接近于自然语言。
- 在面向对象的编程中，被封装成各种类和对象。
查看数据类型class、mode和typeof
[编辑]R的许多语法都是继承自S语言，R语言的开发时间也比较早，许多现在的程序概念在当时并没有被提出。 mode和storage.mode函数描述早期程序的数据类型，继承自S语言，更接近与内存储存的数据类型，storage.mode的描述更准确一些。mode和storage.mode的返回值基于typeof函数的结果。 typeof函数描述最新的、更准确的数据类型，其返回值的结果和storage.mode一样，在进行程序编译时比较重要。 class函数描述的是R语言定义的类属性，如向量、列表、数据框等，可以由用户自定义。类是面向对象编程中的概念，如Biostrings包中定义的一个DNAstring类。 总结：mode、storage.mode和typeof描述的数据类型存储的物理属性，对象所储存的数据类型改变时发生改变；class描述的是数据的存储的逻辑层次属性，默认与物理属性相同，可以由用户自定义修改，但不影响对象所储存的实际数据类型。
> x<- 1
> mode(x)
[1] "numeric"
> class(x)
[1] "numeric"
> typeof(x)
[1] "double"
> class(x)<- "subclass"
> class(x)
[1] "subclass"
> mode(x)
[1] "numeric"
> typeof(x)
[1] "double"
# 如果用户修改的名称是R的内置数据类型名称，则数据类型发生改变
> class(x) <- "character"
> x
[1] "1"
> class(x)
[1] "character"
> mode(x)
[1] "character"
> typeof(x)
[1] "character"
比较不同R对象的属性函数返回值的比较
library(methods)
library(dplyr)
library(xml2)
library(Biostrings)
setClass("dummy", representation(x="numeric", y="numeric"))
types <- list(
"logical vector" = logical(),
"integer vector" = integer(),
"numeric vector" = numeric(),
"complex vector" = complex(),
"character vector" = character(),
"raw vector" = raw(),
factor = factor(),
"logical matrix" = matrix(logical()),
"numeric matrix" = matrix(numeric()),
"logical array" = array(logical(8), c(2, 2, 2)),
"numeric array" = array(numeric(8), c(2, 2, 2)),
list = list(),
pairlist = .Options,
"data frame" = data.frame(),
"closure function" = identity,
"builtin function" = `+`,
"special function" = `if`,
environment = new.env(),
null = NULL,
formula = y ~ x,
expression = expression(),
call = call("identity"),
name = as.name("x"),
"paren in expression" = expression((1))[[1]],
"brace in expression" = expression({1})[[1]],
"S3 lm object" = lm(dist ~ speed, cars),
"S4 dummy object" = new("dummy", x = 1:10, y = rnorm(10)),
"external pointer" = read_xml("<foo><bar /></foo>")$node,
"DNAString" = DNAString(),
"RNAString" = RNAString(),
"AAString" = AAString()
)
type_info <- Map(
function(x, nm)
{
tibble(
"spoken type" = nm,
class = class(x),
mode = mode(x),
typeof = typeof(x),
storage.mode = storage.mode(x)
)
},
types,
names(types)
) %>% bind_rows
knitr::kable(type_info)
输出：
|spoken type |class |mode |typeof |storage.mode |
|:-------------------|:-----------|:-----------|:-----------|:------------|
|logical vector |logical |logical |logical |logical |
|integer vector |integer |numeric |integer |integer |
|numeric vector |numeric |numeric |double |double |
|complex vector |complex |complex |complex |complex |
|character vector |character |character |character |character |
|raw vector |raw |raw |raw |raw |
|factor |factor |numeric |integer |integer |
|logical matrix |matrix |logical |logical |logical |
|numeric matrix |matrix |numeric |double |double |
|logical array |array |logical |logical |logical |
|numeric array |array |numeric |double |double |
|list |list |list |list |list |
|pairlist |pairlist |pairlist |pairlist |pairlist |
|data frame |data.frame |list |list |list |
|closure function |function |function |closure |function |
|builtin function |function |function |builtin |function |
|special function |function |function |special |function |
|environment |environment |environment |environment |environment |
|null |NULL |NULL |NULL |NULL |
|formula |formula |call |language |language |
|expression |expression |expression |expression |expression |
|call |call |call |language |language |
|name |name |name |symbol |symbol |
|paren in expression |( |( |language |language |
|brace in expression |{ |call |language |language |
|S3 lm object |lm |list |list |list |
|S4 dummy object |dummy |S4 |S4 |S4 |
|external pointer |externalptr |externalptr |externalptr |externalptr |
|DNAString |DNAString |S4 |S4 |S4 |
|RNAString |RNAString |S4 |S4 |S4 |
|AAString |AAString |S4 |S4 |S4 |
查看数据结构的函数--str和attributes函数
[编辑]str和summary函数类似，str是structure的缩写，主要是查看当前对象的数据结构的描述，无法修改对象的数据结构，当对象储存的数据结构被修改时，str函数的返回值发生变化。 attributes描述的是R对象逻辑层次的数据结构，可以修改，可以由用户自定义，修改之后立即生效，但不影响R对象储存在内存的内容，但会影响对象的数据结构，str的函数返回值会发生改变，mostattributes可以设置更复杂的数据结构。
## 查看R语言内置的数据结构
> x <- cbind(a = 1:3, pi = pi)
> x
a pi
[1,] 1 3.141593
[2,] 2 3.141593
[3,] 3 3.141593
# 使用attributes查看对象x的逻辑数据结构
> attributes(x)
$dim
[1] 3 2
$dimnames
$dimnames[[1]]
NULL
$dimnames[[2]]
[1] "a" "pi"
# 使用str查看对象x的物理数据结构
> str(x)
num [1:3, 1:2] 1 2 3 3.14 3.14 ...
- attr(*, "dimnames")=List of 2
..$ : NULL
..$ : chr [1:2] "a" "pi"
# 使用attributes修改对象x的数据结构
> attributes(x) <- NULL
> x
[1] 1.000000 2.000000 3.000000 3.141593 3.141593 3.141593
# 修改后，逻辑的数据结构变成NULL
> attributes(x)
NULL
# str函数返回逻辑层级的数据结构消失时，数据在物理储存的数据结构
> str(x)
num [1:6] 1 2 3 3.14 3.14 ...
# 使用mostattributes函数还原对象x原来的数据结构
> mostattributes(x) <- list(dim = 3:2, dimnames = list(NULL,c("a","pi")), names = paste(1:6))
> x
a pi
[1,] 1 3.141593
[2,] 2 3.141593
[3,] 3 3.141593
> attributes(x)
$dim
[1] 3 2
$dimnames
$dimnames[[1]]
NULL
$dimnames[[2]]
[1] "a" "pi"
> str(x)
num [1:3, 1:2] 1 2 3 3.14 3.14 ...
- attr(*, "dimnames")=List of 2
..$ : NULL
..$ : chr [1:2] "a" "pi"
# 查看一个函数的数据结构
> str(numeric)
function (length = 0L)
is()及is类函数的简单讲解
[编辑]is.*()的一类函数可以判断对象是否是某一种特定的数据类型或数据结构 is()可以查看该对象所属的所有数据类型或数据结构
> x <- cbind(a = 1:3, pi = pi)
# 使用is.*()类函数判断对象是否属于该数据类型或数据结构，并返回逻辑值
> is.numeric(x)
[1] TRUE
> is.character(x)
[1] FALSE
> is.vector(x)
[1] FALSE
> is.matrix(x)
[1] TRUE
> is.array(x)
[1] TRUE
> is.data.frame(x)
[1] FALSE
# 查看对象x所属的全部类型
> is(x)
[1] "matrix" "array" "structure" "vector"
[5] "vector_OR_factor"
可以通过编写一个函数来查看一个对象的数据类型或数据结构
what.is <- function(x, show.all=FALSE) {
# set the warn option to -1 to temporarily ignore warnings
op <- options("warn")
options(warn = -1)
on.exit(options(op))
list.fun <- grep(methods(is), pattern = "<-", invert = TRUE, value = TRUE)
result <- data.frame(test=character(), value=character(),
warning=character(), stringsAsFactors = FALSE)
# loop over all "is.(...)" functions and store the results
for(fun in list.fun) {
res <- try(eval(call(fun,x)),silent=TRUE)
if(class(res)=="try-error") {
next() # ignore tests that yield an error
} else if (length(res)>1) {
warn <- "*Applies only to the first element of the provided object"
value <- paste(res,"*",sep="")
} else {
warn <- ""
value <- res
}
result[nrow(result)+1,] <- list(fun, value, warn)
}
# sort the results
result <- result[order(result$value,decreasing = TRUE),]
rownames(result) <- NULL
if(show.all)
return(result)
else
return(result[which(result$value=="TRUE"),])
}
查看函数的输出
> what.is(1)
test value warning
1 is.atomic TRUE
2 is.double TRUE
3 is.finite TRUE
4 is.numeric TRUE
5 is.vector TRUE
> what.is(x)
test value warning
2 is.array TRUE
3 is.atomic TRUE
4 is.double TRUE
5 is.matrix TRUE
6 is.numeric TRUE
> what.is(numeric)
test value warning
1 is.function TRUE
2 is.recursive TRUE