生物信息学/单细胞转录组下游分析
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单细胞转录组测序分析（单细胞转录组下游分析）
[编辑]- Seurat：预处理，差异分析，降维分析，聚类，空间转录组，可视化，进化树
- Monocle：细胞聚类分类和计数，单细胞发育轨迹，差异分析
- scanpy：聚类，可视化，发育轨迹，空间转录组数据
- SCENIC：Single-Cell rEgulatory Network Inference and Clustering
- CellPhoneDB：scRNASeq细胞通信分析工具
- inferCNV：scRNASeq中分析CNV
- scater：scRNASeq分析（可视化表达，降维）
- STutility：空间scRNASeq分析（标准化，空间特征，3D可视化）
- trendsceek：在单细胞基因表达数据中识别具有空间表达趋势的基因
- SPATA：空间转录组分析架构（可视化，空间发育轨迹，分类，差异分析）
- scRepertoire：用于单细胞免疫受体分析的工具包
- scDblFinder：操作多个scRNASeq数据
- DropletUtils：操作scRNASeq Droplet数据
- celldex：细胞类型分析（免疫）
- SC3：scRNASeq分析工具，聚类，差异分析，maker基因
- scran：使用 Bioconductor 对单细胞 RNA-seq 数据进行低水平分析的分步工作流程
- TSCAN：scRNASeq发育轨迹分析，TSCAN在线工具
- M3Drop：单细胞 RNASeq 中丢失的 Michaelis-Menten 建模
- slingshot：scRNASeq发育轨迹分析和差异分析