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生物信息学/单细胞转录组下游分析

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单细胞转录组测序分析(单细胞转录组下游分析)[编辑]

  • Seurat:预处理,差异分析,降维分析,聚类,空间转录组,可视化,进化树
  • Monocle:细胞聚类分类和计数,单细胞发育轨迹,差异分析
  • scanpy:聚类,可视化,发育轨迹,空间转录组数据
  • SCENIC:Single-Cell rEgulatory Network Inference and Clustering
  • CellPhoneDB:scRNASeq细胞通信分析工具
  • inferCNV:scRNASeq中分析CNV
  • scater:scRNASeq分析(可视化表达,降维)
  • STutility:空间scRNASeq分析(标准化,空间特征,3D可视化)
  • trendsceek:在单细胞基因表达数据中识别具有空间表达趋势的基因
  • SPATA:空间转录组分析架构(可视化,空间发育轨迹,分类,差异分析)
  • scRepertoire:用于单细胞免疫受体分析的工具包
  • scDblFinder:操作多个scRNASeq数据
  • DropletUtils:操作scRNASeq Droplet数据
  • celldex:细胞类型分析(免疫)
  • SC3:scRNASeq分析工具,聚类,差异分析,maker基因
  • scran:使用 Bioconductor 对单细胞 RNA-seq 数据进行低水平分析的分步工作流程
  • TSCAN:scRNASeq发育轨迹分析,TSCAN在线工具
  • M3Drop:单细胞 RNASeq 中丢失的 Michaelis-Menten 建模
  • slingshot:scRNASeq发育轨迹分析和差异分析