生物信息學/單細胞轉錄組下游分析
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單細胞轉錄組測序分析（單細胞轉錄組下游分析）
[編輯]- Seurat：預處理，差異分析，降維分析，聚類，空間轉錄組，可視化，進化樹
- Monocle：細胞聚類分類和計數，單細胞發育軌跡，差異分析
- scanpy：聚類，可視化，發育軌跡，空間轉錄組數據
- SCENIC：Single-Cell rEgulatory Network Inference and Clustering
- CellPhoneDB：scRNASeq細胞通信分析工具
- inferCNV：scRNASeq中分析CNV
- scater：scRNASeq分析（可視化表達，降維）
- STutility：空間scRNASeq分析（標準化，空間特徵，3D可視化）
- trendsceek：在單細胞基因表達數據中識別具有空間表達趨勢的基因
- SPATA：空間轉錄組分析架構（可視化，空間發育軌跡，分類，差異分析）
- scRepertoire：用於單細胞免疫受體分析的工具包
- scDblFinder：操作多個scRNASeq數據
- DropletUtils：操作scRNASeq Droplet數據
- celldex：細胞類型分析（免疫）
- SC3：scRNASeq分析工具，聚類，差異分析，maker基因
- scran：使用 Bioconductor 對單細胞 RNA-seq 數據進行低水平分析的分步工作流程
- TSCAN：scRNASeq發育軌跡分析，TSCAN在線工具
- M3Drop：單細胞 RNASeq 中丟失的 Michaelis-Menten 建模
- slingshot：scRNASeq發育軌跡分析和差異分析