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生物化學與分子生物學/蛋白質實驗技術/雙向電泳操作步驟及相關試劑配製

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實驗原理

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2-DE的第一向電泳等電聚焦是基於等電點不同而將蛋白粗步分離,第二向SDS-PAGE是基於蛋白質分子量不同,而將一向分離後的蛋白進一步分離。這樣就可以得到蛋白質等電點和分子量的信息。

實驗步驟

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樣品的溶解

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取純化後的晶體蛋白3.0mg,加入300μl裂解液(1mg蛋白:100μl裂解液)振盪器上振盪10min左右,共處理一個小時。其中每隔10~15分鐘振盪一次,然後13200rpm離心15min除雜質,取上清分裝,每管70μl,—80℃保存。

Bradford法測蛋白含量

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取0.001g BSA(牛血清白蛋白)用1ml超純水溶解,測定BSA標準曲線及樣品蛋白含量。

取7個10ml的離心管,首先在5個離心管中按次序加入0μl,5μl,10μl,15μl,20μl 的BSA溶解液,另2管中分別加入2μl的待測樣品溶液,再在每管中加入相應體積的雙蒸水(總體積為80μl),然後,各管中分別加入4ml的Bradford液(原來配好的Bradford液使用前需再取需要的劑量過濾一遍方能使用),搖勻,2min在595nm下,按由低到高的濃度順序測定各濃度BSA的OD值,再測樣品OD值。(測量過程要在一個小時內完成)。例如:

編號 蛋白量(ul) Buffer(ul)Bradford(ml) OD595值
1 0 4 0
2 5 4 0.024
3 10 4 0.061
4 15 4 0.091
5 20 4 0.116

Bt4 2 78 4 0.079

Bt4 4 76 4

轉Bt4 2 78 4 0.075

轉Bt4 4 76 4

標準曲線方程式:Y= aX+b.其中Y為 OD值,X為蛋白含量。a、b通過作圖輸入數據可知

相關係數通過輸入數據,作圖,軟體分析可得

OD值測量過程:

比色皿用70%的乙醇保存,待用時用雙蒸水沖洗,再用無水乙醇沖洗,雙蒸水沖洗,再加入待測樣品溶液潤洗,然後,加入樣品,測定OD值。

雙向電泳第一向---IEF(雙向電泳中一律使用超純水)

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水化液的製備

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稱取2.0mg 的DTT,用700μl水化液儲液溶解後,加入8μl 0.05% 的溴酚蘭,3.5μl(0.5%v/v)IPG buffer (pH 3-10)振盪混勻,13200rpm離心15min 除雜質,取上清。

在含300μg 蛋白(經驗值)的樣品溶解液中加入水化液,至終體積為340μl,振盪器上振盪混合,13200rpm離心15min除雜質,取上清。

點樣,上膠

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分兩次吸取樣品,每次170μl,按從正極到負極的順序加入點樣槽兩側,再用鑷子撥開Immobiline DryStrip gels (18cm,pH 3—10)膠條,從正極到負極將膠條壓入槽中,膠面接觸加入的樣品。注意:膠條使用前,要在室溫中平衡30分鐘;加樣時,正極要多加樣,以防氣泡的產生;壓膠時不能產生氣泡;酸性端對應正極,鹼性端對應負極;樣品加好後,加同樣多的覆蓋油(Bio-Rad),兩個上樣槽必須與底線齊平。

IPG聚焦系統跑膠程序的設定(跑膠溫度為20℃)

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S1 (30v,12hr,360vhs,step)

S2 (500v,1hr,500vhs,step)

S3 (1000v,1hr,1000vhs,step)

S4 (8000v,0.5hr,2250vhs,Grad)

S5 (8000v,5hr,40000vhs,step)共計44110vhs,19.5小時

其中S1用於泡脹水化膠條,S2和S3用於去小離子,S4和S5用於聚焦。

平衡

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用鑷子夾出膠條,超純水沖洗後,在濾紙上吸乾(膠面,即接觸樣品那一面不能接觸濾紙,如果為18cm的膠條要將兩頭剪去),再以超純水沖洗,濾紙吸乾(再次沖洗過程也可省略),然後用鑷子夾住膠條以正極端(即酸性端)向下,負極端(即鹼性端)向上,放入用來平衡的試管中(鑷子所夾的是鹼性端,酸性端留有溴酚蘭作為標記),用平衡液A,平衡液B先後平衡15min。注:平衡時要注意保持膠面始終向上,不能接觸平衡管壁。

平衡第二次時,在沸水中煮Marker 3min,剪兩個同樣大小的小紙片,長度與一向膠條的寬度等同,然後吸取煮好的Marker,轉入SDS—PAGE膠面上,保持緊密貼合;同樣在第二次平衡時,煮5%的瓊脂糖10ml。

雙向電泳第二向---SDS-PAGE

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配膠(兩根膠條所用劑量)

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分離膠:(T=8% 80 ml):溶液於真空機中抽氣後再加APS和TEMED

30 % 丙烯醯胺儲液 21.28ml

分離膠buffer 20ml 10%APS 220μl TEMED 44μl

雙蒸水 38.72ml

濃縮膠:(T=4.8% 10ml)

30 % 丙烯醯胺儲液 1.6ml

濃縮膠buffer 2.5ml 10%APS 30μl TEMED 5μl

雙蒸水 5.9ml

灌膠

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將玻璃板洗淨後,室溫晾乾,然後,將電泳槽平衡好,玻璃板夾好,再在玻璃板底部塗上凡士林以防漏膠,倒入正丁醇壓膠,凝膠後(這時會出現三條線),用注射器吸去正丁醇,超純水洗兩次,再用濾紙除水後,倒入濃縮膠,正丁醇壓膠,凝膠後,用注射器吸去正丁醇,超純水洗兩次,再加入超純水,用保險膜封好。

轉移

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剪兩個小的濾紙片,吸取Marker後,放入SDS—PAGE膠面的一端。然後,將平衡好的IPG膠條貼靠在玻璃板上,加少量的5%的瓊脂糖溶液在膠面上(瓊脂糖凝膠在轉移前十幾分鐘的時候配好,水浴加熱溶解,並保持燒杯中水處於沸騰狀態,至用之前再拿出來),再將IPG膠條緩緩加入SDS—PAGE膠面,其中不斷補加5%的瓊脂糖溶液,注意不能產生氣泡。

跑膠

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濃縮膠 13mA 分離膠 20mA 共約5.5個小時

銀染(兩根膠條所用劑量)(銀染特別注意用超純水)

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  1. 固定 30min 無水乙醇 200ml+乙酸50ml,用超純水定容至500ml
  2. 敏化 30min 無水乙醇 150ml
    • Na2S2O3S226;5H2O 1.5688g
    • 無水乙酸鈉 34g
    • 先用水溶解Na2S2O3S226;5H2O和乙酸鈉,再加乙醇,最後定容至500ml
  3. 洗滌 5min × 3次
  4. 銀染 20min AgNO3 1.25g 用超純水定容至500ml
  5. 洗滌 1min × 2次
  6. 顯影 無水Na2CO3 12.5g 用超純水定容至500ml
    • 甲醛(37%)0.1ml,臨時加
  7. 終止 10min EDTA—Na2S226;2H2O 7.3g 用超純水定容至500ml
  8. 洗滌 5min × 3次

註:整個雙向電泳實驗中全部使用超純水,儘量減少離子的影響。

實驗相關試劑配製

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Bradford 工作液

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95%乙醇 25ml 先用乙醇溶解考馬斯亮蘭G250,溶解完後再加磷

85%磷酸 52ml 酸,最後超純水定容至500ml。過濾後置於棕色瓶

考馬斯亮蘭G250 0.035g 外加油皮紙保存(Bradford不穩定,一周內有效)

裂解液

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尿素 8M

硫脲 2M

CHAPS 4%

DTT 60 mM

Tris—base 40 mM(如果有條件可以添加PMSF 0.5mM和5%的Pharmalate)

水化液儲液

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尿素 8M

硫脲 2M

CHAPS 4%

Tris—base 40 mM

分離膠buffer (pH8.8) 250ml

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SDS 0.4% 1g

Tris—HCl 1.5M 45.4275g

濃縮膠buffer (pH6.8) 100ml

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SDS 0.4% 0.4g

Tris—HCl 0.5M 6.07g

凝膠儲存液(30%的丙烯醯胺)250ml

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Acr 29.2% 73g

Bis 0.8% 2g

電極緩衝液(跑一次要配製2500ml)

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甘氨酸 43.2g 36g

Tris 9g 或 7.5g

SDS 3g 2.5g

超純水定容至3000ml 超純水定容至2500ml

0.5M Tris —HCl pH 6.8儲液

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6.1g Tris先用30ml超純水溶解,再用46ml,3M HCl調pH6.8,再加水定容至100ml

平衡液儲液

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脲(即尿素)36g

甘油 30% 30ml

SDS 1% 1g

0.5M Tris—HCl pH6.8 10ml 超純水定容至100ml

平衡液A(一根膠條)

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DTT 20mg

平衡液儲液 10ml

平衡液B(一根膠條)

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碘乙醯氨 300mg

平衡液儲液 10ml

0.05%溴酚蘭 15μl (平衡液A、B均需臨時配製)

0.5%瓊脂糖10ml

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瓊脂糖 0.05g

電極緩衝液 10ml

溴酚蘭 25μl

補:4、5、6的溶液需過濾後儲存於4C備用。

藥品

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CHAPS 兼性離子去垢劑 去垢劑可破壞蛋白質分子之間的疏水相互作用,SDS 離子型去垢劑 提高蛋白質的溶解性,防止在等電聚焦時析出尿素

離液劑 可改變或破壞氫鍵等次級鍵的結構,使蛋白質硫脲

離液劑 變性並使蛋白失活。尿素和硫脲聯合使用,可以大大增加蛋白質的溶解性

DTT 還原劑 斷裂蛋白質分子中Cys殘基之間形成的二硫鍵,增加蛋白質的溶解性。但過分提高DTT的濃度,由於它pKa在8左右,因而會影響pH梯度。DTT在鹼性pH下會去質子化,等電聚焦時會損耗,導致二硫鍵復原,蛋白質沉澱

BSA Bradford中製作標準曲線用

無水乙醇 和磷酸一起,提供Bradford中的環境

磷酸 提供Bradford中的酸性環境

Tris 構成緩衝液的成分,可用於抗衡pH的變化

IPG buffer

覆蓋液 即礦物油,防止水分蒸發,樣品乾燥。

丙烯醯胺(Acr) 以丙烯醯胺為單體,甲叉二丙烯醯胺為交聯劑,

甲叉二丙烯醯胺 (Bis)在催化劑(Aps)和引發劑(TEMED)作用下,聚合交聯成三維網狀結構

瓊脂糖

溴酚蘭 指示劑作用

碘乙醯氨(IAA)平衡液B中使用,中和A液中的DTT

正丁醇 比聚丙烯醯胺密度小,用於凝膠製作過程中的壓膠

甘油 無機鹽的良好溶劑,熱穩定性好

Marker

考馬斯亮蘭G250(Bradford法用)考馬斯亮蘭G250有紅、藍兩種不同顏色的形式在一定濃度的乙醇及酸性條件下,可配成淡紅色的溶液,當與蛋白結合後,產生藍色化合物,反應迅速而穩定,反應化合物在465~595nm處有最大的光吸收值,化合物顏色 深淺與蛋白濃度的高低成正比關係,因此可檢測595nm的光吸收值的大小計算蛋白的含量

甘氨酸 與Tris構成緩衝系統

AgNO3

EDTA 金屬螯合劑,可以結合銀離子,終止銀染過程。